Er is onduidelijkheid over de precieze oorsprong van de naam Waddinxveen. De oudst bekende vermelding van de plaatsnaam, uit 1233, is zoals gezegd 'Waddinxvene'. Er is een theorie die zegt dat de naam is afgeleid van de persoonsnaam '(van de) Wadding', waarbij de plaats is gelegen in het 'veen van Wadding'. Een andere mogelijkheid is dat de plaatsnaam is ontstaan uit een aanduiding voor water, afgeleid van 'wadde'. Voor de Tweede Wereldoorlog werd de naam geschreven als 'Waddingsveen', zoals meer plaatsen in Nederland de 'x' toen met 'gs' (of 'ks') werd geschreven.
Zie ook Waddinxveen-Wensveen: Dorp met twee namen?
